科研处是主管学校科学研究和科技推广与开发工作的职能部门，主要工作职能有宣传、贯彻、落实党和国家各项科研政策、法规，拟定学校科研发展规划、年度计划、管理制度；负责各级各类科研项目的申报、立项、管理、检查和验收，组织研究团队对重点方向和重大项目进行探索或攻关研究；负责与上级主管部门及其它有关部门在科研工作方面的联络，及时了解政府主管部门的科研政策与信息；负责全校科研机构、研究基地、重点实验室的建设、管理及服务工作；负责全校科研成果的管理、评审、鉴定、申报、奖励及知识产权包括专利的咨询、申请与实施工作，负责全校各类科研经费的管理；负责组织校内学术著作出版基金的申请、评审工作；负责学校科技开发、技术合同的审查、签订、指导和监督；负责全校学术交流、科技展览、科技宣传报道等活动的组织和管理工作，负责学校学术委员会的日常工作；负责科技数据的收集、整理、统计、分析和上报；负责科研档案的整理、归档以及科研成果和科研资料的保密工作。

学院科研机构设置随着学校发展不断演变，自20世纪40年代起，科研工作先后由教育科学研究室、教务处、科研处承担。2024年3月，为加强科研工作，明确高校基本职责职能，学院研究决定，重新设立科研处，进行有组织的科研，统一管理和规范学院科研工作。

2015年至2024年底，学院教师发表学术论文440余篇，主参编教材40余部，主持科研课题151项，其中自治区级84项（自治区重点课题12项），呼伦贝尔市级17项，校级41项，其它来源9项。其中科研课题中有人文社科项目13项，教育科学项目74项，自然科学项目28项，思政项目20项，乡村振兴专项12项，其它项目4项。

2022年10月，由呼伦贝尔市科技局批复，成立扎兰屯职业学院企业科技特派员工作站。首批23名企业科技特派员，为呼伦贝尔域内38家企业进行科技服务。

2022年11月，由中国农技协批准，“中国农技协内蒙古扎兰屯大豆科技小院”成立。小院依托呼伦贝尔申宽生物科技有限公司和扎兰屯职业学院，由内蒙古自治区科协、内蒙古农业大学、呼伦贝尔市科协、扎兰屯市科协共建。2024年4月，内蒙古扎兰屯大豆科技小院被评为中国农技协全国60所“最美科技小院”之一。

2024年1月，学院获批“呼伦贝尔市第一批社会科学普及基地”。

2024年8月，学院获批“内蒙古自治区第十批社会科学普及基地”。

2024年12月，根据学院整体规划，科研处组建了院级科研团队3支，系级科研团队12支。院级科研创新团队分别以“呼伦贝尔市低空经济发展”、“智慧农牧业”、“北疆文化研究”为主要研究方向。

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